7/11/2017

Akses ke BiokompDas dapat melalui VPN UB

Bagi yang kebetulan tidak berada di lingkungan kampus UB dapat mengakses sistem BiokompDas menggunakan VPN UB. Petunjuk instalasi dan penggunaan VPN UB dapat dilihat di sini.


1/11/2017

Perpindahan Lokasi Praktikum

Dikarenakan ruangan di Biomol kurang memungkinkan untuk materi-materi selanjutnya, maka praktikum-praktikum selanjutnya akan dicobaa dilaksanakan di MC 4.8 (pagi) dan MC 4.6 (sore). Kita berharap bisa mendapatkan koneksi yang layak untuk praktikum kita berikutnya. Untuk semua peserta praktikum baik asisten maupun praktikan bisa mempersiapkan peralatannya seperti IDE (Integrated Development Environment) untuk praktek coding. Untuk persiapan Ujian Praktikum juga harapannya dipersiapkan Jupyter Notebooknya, diprioritaskan menggunakan jaringan BiokompDas.

Terimakasih.


26/10/2017

Tugas Instalasi NINJA-IDE dan Python

alt text

Instalasi NINJA-IDE berbasis Windows pada komputer praktikan untuk cadangan apabila proses pembelajaran Python menggunakan jaringan kampus tidak memungkinkan. Rencana awal adalah penggunaan Spyder sebagai IDE berbasis remote desktop, akan tetapi karena sangat membebani jaringan dan PC maka alternatif yang lebih ringan yaitu Jupyter Notebook (berbasis terminal dan browser) juga dicoba. Untuk mengantisipasi sistem yang betul-betul tidak kondusif maka digunakan NINJA-IDE dan Python secara offline.

Petunjuk instalasi NINJA-IDE dan Python ada di link berikut.


26/10/2017

Jupyter Notebook Viewer

alt text

Untuk melihat Notebook tutorial dan lembar kerja yang dibuat menggunakan Jupyter dapat melalui link berikut. Pengguna dapat mendownload file ipynb kemudian menggunakannya pada Jupyter Notebook masing-masing yang telah diseting sebelumnya.


26/10/2017

Tutorial Konfigurasi Jupyter Notebook - diperlukan untuk pengerjaan tugas

alt text

Tujuan :
Agar masing-masing anggota Praktikum Biokomputasi Dasar memiliki alat untuk mempelajari Python. Jupyter Notebook memiliki fleksibilitas baik sebagai IDE (Integrated Development Environment) dan sebagai worksheet yang mendukung live code.

Metode :
Tutorial dapat dilihat dalam video di bawah:
IMAGE ALT TEXT HERE

Setelah selesai melakukan seting maka pada terminal diketikkan, jupyter notebook kemudian perhatikan baris
The Jupyter Notebook is running at:
http://[all ip addresses on your system]:8888/
pada angka di belakang terdapat port yang dapat diakses, pada contoh 8888 maka pada browser setelah alamat IP diikuti tanda : dan port 8888, apabila menunjukkan port lain maka menyesuaikan. Perlu diingat untuk selalu menjaga kerahasiaan password untuk keamanan sistem. Jangan menggunakan password sosmed, e-mail dll karena sistem BiokompDas tidak menerapkan standar keamanan yang sangat tinggi.


26/10/2017

Daftar Praktikan, kode student dan alamat IP

alt text

Dapat diakses dalam bentuk file .xlsx di tautan berikut


25/10/2017

Jadwal Praktikum Biologi Komputasi Dasar 2017

No. Tanggal Topik PJ A PJ B
1. Briefing Praktikan
2. Pengenalan Remote Access: Remote Desktop dan Remote Shell Megan Bayu
3. Pengenalan Linux GUI dan CLI Nailah Bayu
4. Dasar-dasar Python Atika Hermawan
5. Python: Seleksi Kondisi Cony Aziz
6. UTS
7. Python: Looping (Perulangan) Farisan Satria
8. Python: Array Pada Python: Dictionary, List, dan Tuple Cony Farida
9. Python: Pengenalan Fungsi Megan Bayu
10. Pengenalan R: ANOVA Atika Dadang
11. UAP

25/10/2017

Yang diperlukan untuk Praktikum Biokomputasi Dasar

Alat:
1. Komputer baik notebook, tablet, atau smartphone
2. Software :


25/10/2017

Cluster di Lab Biokomp dan Bioinformatika

Lab Biokomp dan Bioinformatika juga berkesperimen dengan komputasi cluster. Sementara ini menggunakan MPICH dan komputasi yang didukung adalah dinamika molekul menggunakan Gromacs dan filogenetika molekuler menggunakan Mr. Bayes.


1/10/2017

Ini adalah mading Lab Biokomputasi dan Bioinformatika

Mengapa tidak disebut sebagai website? Karena halaman ini hanya bisa diakses dari dalam jaringan Universitas Brawijaya. Tujuannya adalah untuk memberikan informasi-informasi singkat terkait dengan Lab Biokomputasi dan Bioinformatika.